1. Giám đốc Hoàng Văn Hùng.
a) Lãnh đạo, quản lý toàn diện các mặt hoạt động của ĐHTN; quyền hạn và trách nhiệm của Giám đốc ĐHTN được quy định trong các văn bản hiện hành của Nhà nước, trong Quy chế tổ chức và hoạt động của ĐHTN. Là chủ tài khoản của ĐHTN.
b) Chỉ đạo trực tiếp các lĩnh vực công tác: Chiến lược phát triển, các đề án, dự án của ĐHTN; Kế hoạch đầu tư; Chuyển đổi số; Tổ chức cán bộ; Pháp chế; Quốc phòng - An ninh; Đối ngoại.
Đối với công tác phát ngôn và cung cấp các thông tin liên quan đến ĐHTN: Tập thể Lãnh đạo ĐHTN đã phân công cho đồng chí Nguyễn Thanh Hà, Chủ tịch Công đoàn ĐHTN.
c) Tham gia giải quyết các công việc thuộc trách nhiệm của Phó Giám đốc khi được đề nghị hoặc nếu thấy cần thiết.
d) Phụ trách trực tiếp các Ban chức năng và tương đương: Ban Tổ chức cán bộ; Ban Pháp chế; Văn phòng Đảng - Đoàn thể.
đ) Phụ trách Trường Đại học Nông Lâm, Trường Đại học Kỹ thuật công nghiệp, Trường Đại học Sư phạm, Trường Cao đẳng Kinh tế - Kỹ thuật; Trung tâm Giáo dục quốc phòng và an ninh; Trung tâm Đào tạo từ xa.
e) Sinh hoạt hành chính tại Ban Tổ chức cán bộ.
2. Phó Giám đốc Nguyễn Văn Tảo
a) Chỉ đạo trực tiếp các lĩnh vực công tác: Đào tạo, bồi dưỡng, khảo thí và đảm bảo chất lượng giáo dục; Khoa học Công nghệ; Đoàn - Hội.
b) Phụ trách trực tiếp các Ban chức năng và tương đương: Ban Đào tạo và Quản lý người học; Ban Khoa học Công nghệ và Đối ngoại.
c) Phụ trách Trường Đại học Công nghệ Thông tin và Truyền thông; Trường Đại học Khoa học; Trường Đại học Y-Dược; Nhà Xuất bản; Phân hiệu ĐHTN tại tỉnh Điện Biên; Viện Đào tạo và Nghiên cứu xuất sắc; Trung tâm Đổi mới sáng tạo Vùng.
đ) Sinh hoạt hành chính tại Ban Đào tạo và Quản lý người học.
3. Phó Giám đốc Nguyễn Hồng Liên
a) Chỉ đạo trực tiếp các lĩnh vực công tác: Tài chính; Quy hoạch và giải phóng mặt bằng; Cơ sở vật chất; Hợp tác phát triển trong nước; Tạp chí Khoa học và Công nghệ; Quản lý người học và người nước ngoài đến công tác, học tập tại ĐHTN.
b) Phụ trách trực tiếp các Ban chức năng và tương đương: Văn phòng; Ban Kế hoạch Đầu tư và Tài chính; Ban Quản lý cơ sở vật chất; Tạp chí Khoa học và Công nghệ.
c) Phụ trách Trường Đại học Kinh tế và Quản trị kinh doanh; Trường Ngoại ngữ; Khoa Quốc tế; Phân hiệu ĐHTN tại tỉnh Lào Cai; Phân hiệu ĐHTN tại tỉnh Hà Giang; các trung tâm thuộc và trực thuộc ĐHTN (trừ Trung tâm Giáo dục quốc phòng và an ninh; Trung tâm Đào tạo từ xa; Trung tâm Đổi mới sáng tạo Vùng).
đ) Sinh hoạt hành chính tại Ban Kế hoạch Đầu tư và Tài chính.
